Connaître les techniques de biologie moléculaire sur les prélèvements tissulaires/cellulaires OIC-293-05-B
Connaître les techniques de biologie moléculaire sur les prélèvements tissulaires/cellulaires OIC-293-05-B
« Comment justifier le recours à des analyses de biologie moléculaire sur prélèvements d’Anatomie et Cytologie Pathologiques? »
Des analyses complémentaires peuvent être nécessaires pour préciser le diagnostic d’une lésion, le pronostic du patient ou encore orienter la thérapeutique (théranostic). Parmi ces analyses complémentaires réalisables sur prélèvement d’Anatomie et Cytologie Pathologiques, l’immunohistochimie (mise en évidence de protéines) et l’hybridation in situ (mise en évidence de séquences nucléotidiques) sont réalisables sur le tissu lui-même pour une analyse morphologique (cf objectif de connaissance 2C-293-EC-B03).
Néanmoins, le recueil de certains paramètres diagnostiques, pronostiques ou théranostiques nécessite l’analyse de la séquence nucléotidique elle-même au niveau de l’ARN ou de l’ADN qui n’est pas accessibles à une analyse in situ morphologique. Ces techniques nécessitent une extraction d’ADN/ARN à partir du tissu d’intérêt pour permettre la recherche de mutations ponctuelles, mais aussi de réarrangements géniques ou de gain/perte de matériel génomique (NB : les réarrangements géniques et gains/pertes de matériel génomique peuvent aussi être accessibles à un diagnostic par hybridation in situ). Un avantage de ces techniques d’analyses d’extraits d’acides nucléiques est leur possibilité de réaliser plusieurs recherches d’altérations moléculaires différentes sur plusieurs gènes d’intérêt en une seule et même analyse ce qui en constitue un avantage par rapport aux techniques morphologiques, souvent dédiées à une cible donnée par analyse. Cet avantage de « multiplexage » des analyses est particulièrement intéressant en cas de prélèvement de faible abondance nécessitant une multiplication des analyses et à risque d’épuisement tissulaire (ex : prélèvement de cancer pulmonaire non à petites cellules sur biopsie bronchique). Le recours à ces analyses complémentaires de biologie moléculaire nécessite en général plusieurs jours de technique et analyse au sein de plateformes techniques expertes en ces analyses non morphologiques.
La qualification morphologique du prélèvement demeure néanmoins primordiale en amont de l’extraction d’acide nucléique pour s’assurer du contenu du prélèvement en cellules d’intérêt (ex : sélection d’une zone riche en cellules tumorales en cas d’analyse moléculaire sur un prélèvement de cancer).
Ces analyses de biologie moléculaire sont applicables aux prélèvements tissulaires et aux prélèvements cytologiques sous réserve d’un contenu suffisant en cellules d’intérêt.
La fixation au formol entraîne une fragmentation des acides nucléiques ce qui entrave partiellement l’amplification par polymerase chain reaction (PCR) souvent nécessaire dans les analyses de biologie moléculaire. L’analyse ciblée de séquences de tailles réduites demeure néanmoins possible à partir des acides nucléiques fragmentés des prélèvements fixés en formol et inclus en paraffine. Toutefois, pour des analyses nécessitant une meilleure qualité des acides nucléiques, l’extraction d’ARN/ADN à partir de prélèvements tissulaires congelés en azote liquide et conservés à -80°C sera privilégiée et même recommandée dans certains types tumoraux (cf objectif de connaissance 2C-293-EC-B06).