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Connaître les modalités de la documentation microbiologique de l'infection en fonction du tableau clinique et du terrain OIC-154-08-B

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Au cours d’une pneumonie aiguë communautaire (PAC), les examens permettant de documenter l’agent infectieux responsables sont indiqués selon :

·        la gravité, et donc l’orientation du patient,

·        le terrain immuno-déprimé ou non.


Ainsi, on réalisera

  • pour une pneumonie aiguë communautaire (PAC) sans critère de gravité, prise en charge en ambulatoire : aucun examen microbiologique
  • pour une PAC nécessitant une hospitalisation en secteur conventionnel :
    • au minimum :
      • Hémocultures
      • Examen cytobactériologique des crachats chez l'adulte (ECBC)
    • selon contexte :
      • PCR syndromique (multiplex) sur prélèvement nasopharyngé en période épidémique (intérêt seulement si cela induit une modification de prise en charge)
      • Antigénurie Legionella chez l'adulte si signe ou contexte évocateurs
      • Antigénurie pneumocoque si signe ou contexte évocateurs (sans intérêt chez l'enfant de moins de 5 ans car ne permet pas de distinguer le portage de l'infection)
      • PCR bactéries atypiques si signe ou contexte évocateurs (souvent inclues dans les PCR syndromiques /! un portage asymptomatique de Mycoplasma pneumoniae est fréquent chez l'enfant)
      • Liquide pleural : si épanchement (possibilité de recherche d'Ag pneumococcique dans le liquide pleural)
  • pour une PAC nécessitant une hospitalisation USI/réanimation :
    • au minimum
      • Hémocultures
      • ECBC ou aspiration bronchique
      • PCR multiplex sur prélèvement nasopharyngé en période épidémique
      • Antigénurie Legionella chez l'adulte
      • Antigénurie pneumocoque après 5 ans
    • selon contexte :
      • PCR bactéries atypiques si signe ou contexte évocateurs
      • Liquide pleural : si épanchement
  • Chez un patient immunodéprimé :
    • au minimum
      • Hémocultures
      • ECBC
      • PCR multiplex sur prélèvement nasopharyngé (d'autant plus en période épidémique)
    • selon contexte :
      • Antigénurie Legionella si signe ou contexte évocateurs
      • Antigénurie pneumocoque si signe ou contexte évocateurs
      • PCR bactéries atypiques si signe ou contexte évocateurs
      • Liquide pleural : si épanchement
      • Recherche de Pneumocystis sur expectoration induite ou fibroscopie bronchique
      • Antigène ß-D-glucane
      • Envisager fibroscopie bronchique pour prélèvement profond dirigé.



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Au cours d’une pneumonie aiguë communautaire (PAC), les examens permettant de documenter l’agent infectieux responsables sont indiqués selon :

·        la gravité, et donc l’orientation du patient,

·        le terrain immuno-déprimé ou non.


Ainsi, on réalisera

  • pour une pneumonie aiguë communautaire (PAC) sans critère de gravité, prise en charge en ambulatoire : aucun examen microbiologique
  • pour une PAC nécessitant une hospitalisation en secteur conventionnel :
    • au minimum :
      • Hémocultures
      • Examen cytobactériologique des crachats chez l'adulte (ECBC)
    • selon contexte :
      • PCR syndromique (multiplex) sur prélèvement nasopharyngé en période épidémique (intérêt seulement si cela induit une modification de prise en charge)
      • Antigénurie Legionella chez l'adulte si signe ou contexte évocateurs
      • Antigénurie pneumocoque si signe ou contexte évocateurs (sans intérêt chez l'enfant de moins de 5 ans car ne permet pas de distinguer le portage de l'infection)
      • PCR bactéries atypiques si signe ou contexte évocateurs (souvent inclues dans les PCR syndromiques /! un portage asymptomatique de Mycoplasma pneumoniae est fréquent chez l'enfant)
      • Liquide pleural : si épanchement (possibilité de recherche d'Ag pneumococcique dans le liquide pleural)
  • pour une PAC nécessitant une hospitalisation USI/réanimation :
    • au minimum
      • Hémocultures
      • ECBC ou aspiration bronchique
      • PCR multiplex sur prélèvement nasopharyngé en période épidémique
      • Antigénurie Legionella chez l'adulte
      • Antigénurie pneumocoque après 5 ans
    • selon contexte :
      • PCR bactéries atypiques si signe ou contexte évocateurs
      • Liquide pleural : si épanchement
  • Chez un patient immunodéprimé :
    • au minimum
      • Hémocultures
      • ECBC
      • PCR multiplex sur prélèvement nasopharyngé (d'autant plus en période épidémique)
    • selon contexte :
      • Antigénurie Legionella si signe ou contexte évocateurs
      • Antigénurie pneumocoque si signe ou contexte évocateurs
      • PCR bactéries atypiques si signe ou contexte évocateurs
      • Liquide pleural : si épanchement
      • Recherche de Pneumocystis sur expectoration induite ou fibroscopie bronchique
      • Antigène ß-D-glucane
      • Envisager fibroscopie bronchique pour prélèvement profond dirigé.


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