Comprendre les avantages et les limites des analyses génomiques.
Le séquençage dit haut débit permet de séquencer simultanément l’intégralité d’un gène, plusieurs gènes (panel de gènes), toutes les régions codantes (exons) connues de (presque) tous les gènes (exome, (exome sequencing, ES), voire la totalité du génome (genome sequencing, GS).
La prescription doit donc être adaptée à la présentation clinique. Des arbres décisionnels ont été établis par les filières de soins maladies rares, le groupe génétique et cancer pour les prédispositions aux tumeurs (oncogénétique) et par l’INCa.
Les avantages du séquençage haut débit sont
- Analyse en un même temps de nombreux gènes voire du génome (analyse pangénomique)
- Augmentation du rendement diagnostique
Les inconvénients sont
- Analyse non remboursée par la sécurité sociale
- Nécessité d’avoir une équipe de bio-informatique pour traiter les données
- Identification de données génétiques additionnelles
- Identification de variants dont l’impact n’est pas connu dans l’état actuel des connaissances
Par ailleurs, il est nécessaire de former des biologistes pour obtenir les compétences pour les analyses pangénomiques du fait du nombre important de nouveaux gènes et nouveaux variant identifiés chaque année (4 à 5 nouvelles maladies génétiques identifiées par semaine).
Comprendre le résultat d'une analyse génétique et ses limites dont l'existence de données additionnelles
Lors d’une analyse pangénomique comme un séquençage d’exome ou de génome, de très nombreux variants génétiques sont identifiés.
Trois grands types de variants sont identifiables :
- Variant nucléotidique : SNV (Single nucleotide variant) et Delins (Délétions ou Insertions de 1 à 49 nucléotides)
- Variant de structure déséquilibré d’une taille supérieure ou égale à 50 nucléotides : CNV (Copy Number Variant correspondant à des délétions ou des duplications),
- Variant de structure équilibré : BSV (Balanced Structural Variant : inversions, insertions, translocations)
Le biologiste médical doit réaliser une interprétation contextuelle de chaque variant qui est classé en 5 classes :
Classe 1 : variant bénin
Classe 2 : variant probablement bénin
Classe 3 : variant de signification incertaine
Classe 4 : variant probablement pathogène
Classe 5 : variant pathogène
Les biologistes rendent les variants de classe 4 et 5 et discutent les classes 3 d’intérêt en réunion d’interprétation clinico-biologique ou en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) d’aval.
En cas d’identification de variants de classe 4 ou 5, le prescripteur doit généralement faire
- une annonce d'un diagnostic de maladie (qui peut être grave) au patient et/ou à sa famille
- aborder la question de la situation de handicap
Conformément à la loi, seul le prescripteur reçoit le compte rendu de l’analyse génétique qui peut être :
- concluant : présence de variant(s) de classe 4 ou 5 expliquant complètement ou partiellement le phénotype
- non conclusif : résultat qui ne peut marquer le terme de l’analyse soit parce qu’aucun variant n’a été retenu soit parce que les variants de classe d’intérêt imposent des analyses complémentaires (ségrégation familiale, tests fonctionnels, …).
Il ne peut le partager qu’avec l’accord du patient et lui préciser les personnes de sa famille qui doivent prendre contact avec un généticien. Si un variant de classe 4 ou 5 est identifié, un diagnostic prénatal ou pré-implantatoire pourra être proposer dans le cadre d’une maladie d’une particulière gravité incurable au moment du diagnostic. C’est au prescripteur d’informer le patient si une donnée additionnelle a été identifiée. Là encore, il doit lui préciser les personnes de sa famille qui doivent prendre contact avec un généticien.
L’une des spécificités des analyses pangénomiques (ES et GS) est d’associer une re-analyse régulière des données de séquençage en particulier en cas de résultat non conclusif. Il est nécessaire de confronter les données du génome sous version informatique aux nouvelles connaissances du moment. En effet plusieurs centaines de maladies génétiques sont identifiée tous les ans.
♥∞
Comprendre les avantages et les limites des analyses génomiques.
Le séquençage dit haut débit permet de séquencer simultanément l’intégralité d’un gène, plusieurs gènes (panel de gènes), toutes les régions codantes (exons) connues de (presque) tous les gènes (exome, (exome sequencing, ES), voire la totalité du génome (genome sequencing, GS).
La prescription doit donc être adaptée à la présentation clinique. Des arbres décisionnels ont été établis par les filières de soins maladies rares, le groupe génétique et cancer pour les prédispositions aux tumeurs (oncogénétique) et par l’INCa.
Les avantages du séquençage haut débit sont
- Analyse en un même temps de nombreux gènes voire du génome (analyse pangénomique)
- Augmentation du rendement diagnostique
Les inconvénients sont
- Analyse non remboursée par la sécurité sociale
- Nécessité d’avoir une équipe de bio-informatique pour traiter les données
- Identification de données génétiques additionnelles
- Identification de variants dont l’impact n’est pas connu dans l’état actuel des connaissances
Par ailleurs, il est nécessaire de former des biologistes pour obtenir les compétences pour les analyses pangénomiques du fait du nombre important de nouveaux gènes et nouveaux variant identifiés chaque année (4 à 5 nouvelles maladies génétiques identifiées par semaine).
Comprendre le résultat d'une analyse génétique et ses limites dont l'existence de données additionnelles
Lors d’une analyse pangénomique comme un séquençage d’exome ou de génome, de très nombreux variants génétiques sont identifiés.
Trois grands types de variants sont identifiables :
- Variant nucléotidique : SNV (Single nucleotide variant) et Delins (Délétions ou Insertions de 1 à 49 nucléotides)
- Variant de structure déséquilibré d’une taille supérieure ou égale à 50 nucléotides : CNV (Copy Number Variant correspondant à des délétions ou des duplications),
- Variant de structure équilibré : BSV (Balanced Structural Variant : inversions, insertions, translocations)
Le biologiste médical doit réaliser une interprétation contextuelle de chaque variant qui est classé en 5 classes :
Classe 1 : variant bénin
Classe 2 : variant probablement bénin
Classe 3 : variant de signification incertaine
Classe 4 : variant probablement pathogène
Classe 5 : variant pathogène
Les biologistes rendent les variants de classe 4 et 5 et discutent les classes 3 d’intérêt en réunion d’interprétation clinico-biologique ou en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) d’aval.
En cas d’identification de variants de classe 4 ou 5, le prescripteur doit généralement faire
- une annonce d'un diagnostic de maladie (qui peut être grave) au patient et/ou à sa famille
- aborder la question de la situation de handicap
Conformément à la loi, seul le prescripteur reçoit le compte rendu de l’analyse génétique qui peut être :
- concluant : présence de variant(s) de classe 4 ou 5 expliquant complètement ou partiellement le phénotype
- non conclusif : résultat qui ne peut marquer le terme de l’analyse soit parce qu’aucun variant n’a été retenu soit parce que les variants de classe d’intérêt imposent des analyses complémentaires (ségrégation familiale, tests fonctionnels, …).
Il ne peut le partager qu’avec l’accord du patient et lui préciser les personnes de sa famille qui doivent prendre contact avec un généticien. Si un variant de classe 4 ou 5 est identifié, un diagnostic prénatal ou pré-implantatoire pourra être proposer dans le cadre d’une maladie d’une particulière gravité incurable au moment du diagnostic. C’est au prescripteur d’informer le patient si une donnée additionnelle a été identifiée. Là encore, il doit lui préciser les personnes de sa famille qui doivent prendre contact avec un généticien.
L’une des spécificités des analyses pangénomiques (ES et GS) est d’associer une re-analyse régulière des données de séquençage en particulier en cas de résultat non conclusif. Il est nécessaire de confronter les données du génome sous version informatique aux nouvelles connaissances du moment. En effet plusieurs centaines de maladies génétiques sont identifiée tous les ans.