La tumeur présente des altérations moléculaires qui lui sont propres, acquises au cours du processus de transformation, puis de l’évolution des sous-clones tumoraux. Ces altérations génétiques jouent un rôle dans l’acquisition / l’évolution des propriétés des cellules tumorales (anomalies dites « drivers ») ou témoignent simplement des processus mutagènes subis par le génome (variants passagers)
Elles sont de nature variée. Il peut s’agir :
· de mutations ponctuelles (« Single Nucleotide Variation » ou SNV) pouvant conduire à la substitution d’acides aminés importants pour la fonction de la protéine ou à la création d’un codon stop ;
· de petites insertions ou délétions (InDels) pouvant ou non causer un décalage du cadre de lecture lors de la traduction et conduire à une protéine modifée fonctionnellement ou à une protéine tronquée non fonctionnelle;
· d’anomalies d’épissage (processus de maturation des ARN messagers) conduisant par exemple à l’élimination d’exons régulant l’activité de la protéine ;
· d’amplification d’oncogènes ou de délétion de gènes suppresseurs de tumeur (« Copy Number Variations » ou CNV) modifiant donc le niveau d’expression du gène atteint ;
· de réarrangements structuraux intra ou inter-chromosomiques (translocations) aboutissant à des gènes de fusions, et conduisant par exemple à l’activation incontrôlée de protéines à activité tyrosine kinase ;
· d’anomalies de la régulation épigénétique de l’expression des gènes par méthylation des promoteurs.
Pour les détecter, le biologiste va mettre en œuvre des techniques ciblées et/ou à haut-débit sur ADN (SNV, InDels, CNV, méthylation) et ARN (réarrangements, transcrits de fusions).
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La tumeur présente des altérations moléculaires qui lui sont propres, acquises au cours du processus de transformation, puis de l’évolution des sous-clones tumoraux. Ces altérations génétiques jouent un rôle dans l’acquisition / l’évolution des propriétés des cellules tumorales (anomalies dites « drivers ») ou témoignent simplement des processus mutagènes subis par le génome (variants passagers)
Elles sont de nature variée. Il peut s’agir :
· de mutations ponctuelles (« Single Nucleotide Variation » ou SNV) pouvant conduire à la substitution d’acides aminés importants pour la fonction de la protéine ou à la création d’un codon stop ;
· de petites insertions ou délétions (InDels) pouvant ou non causer un décalage du cadre de lecture lors de la traduction et conduire à une protéine modifée fonctionnellement ou à une protéine tronquée non fonctionnelle;
· d’anomalies d’épissage (processus de maturation des ARN messagers) conduisant par exemple à l’élimination d’exons régulant l’activité de la protéine ;
· d’amplification d’oncogènes ou de délétion de gènes suppresseurs de tumeur (« Copy Number Variations » ou CNV) modifiant donc le niveau d’expression du gène atteint ;
· de réarrangements structuraux intra ou inter-chromosomiques (translocations) aboutissant à des gènes de fusions, et conduisant par exemple à l’activation incontrôlée de protéines à activité tyrosine kinase ;
· d’anomalies de la régulation épigénétique de l’expression des gènes par méthylation des promoteurs.
Pour les détecter, le biologiste va mettre en œuvre des techniques ciblées et/ou à haut-débit sur ADN (SNV, InDels, CNV, méthylation) et ARN (réarrangements, transcrits de fusions).